V případě propuknutí klinické kokcidiózy už nemůže terapie zabránit velkým ekonomickým ztrátám způsobeným tímto onemocněním. Proto jedinou cestou, jak lze těmto ztrátám předcházet, je prevence.
Mezi preventivní opatření proti kokcidióze dnes řadíme především chemoprofylaxi antikokcidiky a vakcinaci.

Antikokcidika

Antikokcidika byla úspěšně používána od 40. let 20. stol. a do 80. let minulého století představovala hlavní zbraň v kontrole kokcidiózy. Výhody antikokcidik spočívají v jejich širokém spektru účinnosti a snadné aplikaci. Nicméně kontinuální užívání jednoho antikokcidika nebo chyby při jejich míchání do krmiv způsobily vznik rezistentních kmenů kokcidií. Pro potlačení vývoje rezistence byly zavedeny programy založené na principu střídání jednotlivých druhů antikokcidik, avšak ani ty nedokázaly zcela předejít tomuto problému. V současné době již byla detekována rezistence proti všem používaným antikokcidikům.

Antikokcidika zabraňují rozvoji parazita v těle hostitele, tím ovšem také znemožňují plnohodnotný rozvoj protektivní imunity proti kokcidióze. Další nevýhodou antikokcidik je jejich nekompatibilita s jinými léčivy používanými v drůbežářství (např. thiamulin a některá další antibiotika) a jejich toxicita pro některé živočišné druhy. Zásadním problémem při používání antikokcidik jsou rezidua chemických látek v mase a ve vejcích drůbeže, která představují zdravotně-hygienické riziko pro člověka jako konzumenta živočišných produktů.
Tyto důvody vedly k postupnému prosazení další metody prevence, a to vakcinace jako přirozeného způsobu ochrany drůbeže proti kokcidióze, založeného na stimulaci protektivní imunity.

Vakcíny

V prevenci proti kokcidióze se v současné době používají dva druhy živých vakcín. Virulentní (neoslabené) a atenuované (oslabené).
Virulentní vakcíny obsahují živé zárodky plně virulentních kmenů kokcidií. Při použití těchto vakcín je prostředí drůbežáren promořováno velkým počtem virulentních parazitů, může dojít k silné post-vakcinační reakci s nutností léčby a v případě poklesu imunity drůbeže hrozí riziko propuknutí klinické kokcidiózy.
Atenuované vakcíny, vakcíny druhé generace, obsahují linie kokcídií rodu Eimeria se sníženou patogenitou. Jsou proto podstatně bezpečnější a šetrnější alternativou, nezpůsobují razantní poškození střevní tkáně kuřat, minimalizují riziko propuknutí klinické kokcidiózy při zatížení imunitního systému drůbeže.
K atenuovaným vakcínám patří i vakcíny LIVACOX ®.